Владимира Дудку сотрудники ФСБ РФ задержали утром 9 ноября 2016 года в Севастополе, по дороге в больницу, куда он направлялся с обострением язвы желудка. В этот же день были задержаны его давние друзья, бывшие украинские военнослужащие Алексей Бессарабов и Дмитрий Штыбликов. 10 ноября ФСБ РФ заявило, что задержана группа лиц, готовивших диверсии в Крыму. 14 ноября ФСБ РФ распространило видео постановочных допросов, на которых Штыбликов и Бессарабов заявили, что якобы собирали информацию для ВСУ.
Родственники неделю не знали, где находятся задержанные севастопольцы.
Независимый адвокат смог попасть к Владимиру Дудке только 14 ноября 2016 года. Защитник, с которым заключили договор родственники Дудки, нашел его в ИВС Бахчисарая. Встреча была очень короткой, всего 17 минут, поскольку адвокату заявили без указания причин, что Дудку срочно куда-то вывозят из ИВС. В ходе общения с адвокатом севастополец успел сообщить, что он ни в чем не виноват, а показания у него получали под давлением и угрозами в адрес родных. Родственникам так и не дали возможности встретиться с ним и передать ему теплую одежду и необходимые вещи.
Позже, в ходе судебного процесса Дудка и Бессарабов заявили, что в первые дни после задержания их подвергли пыткам, в том числе и электрическим током. Однако Следственный комитет РФ отказал в возбуждении дела по факту пыток.
